System Boomerang 3 ma 2 hierarchiczne struktury.
Pierwsza to struktura administracyjna nazywana organizacją, w której na górze znajdują się grupy systemowe 
, w środku oddziały 
, a na dole grupy i opcjonalnie ich podgrupy.
Grupy najwyższego poziomu nazywane są grupami głównymi i są oznaczone zielonymi ikonami grupy 
. Grupy niższego poziomu są oznaczone niebieskimi ikonami podgrupy 
.
Dostęp do różnych poziomów struktury organizacyjnej zależy od uprawnień użytkownika, np. zwykły użytkownik będzie widział tylko grupy i podgrupy.
Druga to struktura techniczna, nazywana infrastrukturą, składająca się z bloków sprzętu i oprogramowania, które dostarczają pomiary i służą do wysyłania alarmów. Elementami infrastruktury są obiekty, bramki, punkty pomiarowe, zakresy pomiarowe i moduły przekaźnikowe.
Infrastrukturą zarządza się za pomocą menu Administrator w Panel nawigacji, widocznego tylko dla administratorów.
Grupy i podgrupy zawierają obiekty standardowe, transportowe, techniczne i funkcyjne.
Obiekty łączą ze sobą struktury organizacji i infrastruktury.
Obiekty standardowe 
mogą zawierać zarówno punkty pomiarowe, jak i kontrolne. W obiektach transportowych 
umieszczone mogą być punkty transportowe i kontrolne, a w funkcyjnych 
tylko punkty kontrolne. Obiekty techniczne 
zawierają techniczne punkty pomiarowe takie jak odczyty baterii czy poziomu transmisji radiowej. Obiekty opisane są w rozdziale Widok obiektu.
Obiekty mają, przypisane do nich, punkty pomiarowe, transportowe, techniczne i kontrolne. Punkty opisane są w rozdziale Typy punktów
Struktury definiowane są przez administratora Boomerangu. Definicja odzwierciedla organizację i oznaczenie punktów pomiarowych i kontrolnych.
Struktura systemu jest widoczna w części poglądowej Pulpitu.
W tym widoku użytkownik widzi elementy najwyższego poziomu, do których ma dostęp. Administrator systemu widzi zatem grupy systemowe, podczas gdy zwykły użytkownik tylko przypisane do niego grupy niższego poziomu.
Aby rozwinąć strukturę znajdującą się poniżej, należy kliknąć ikonę danego elementu organizacji.
W poniższym przykładzie system S1 zawiera 2 dywizje, S1D1 i S1D2. Dywizja S1D1 została rozwinięta i widać, że zawiera ona 2 grupy główne, S1D1G1 i S1D1G2.
Kliknij grupę, aby ją rozwinąć. Grupa może zawierać podgrupy i obiekty wraz z ich punktami pomiarowymi.
Grupa S1D1G1 zawiera m.in. obiekt S1D1O1, dla którego poniżej pokazane są jego pierwsze 3 MP. Lista obiektów i czujników w tej grupie jest dłuższa, a na zrzucie ekranu prezentowana jest tylko jej górna część.
System S3 zawiera 1 oddział - S3 D1. Oddział ten zawiera 1 grupę główną - S3D1 G1, która ma 2 podgrupy, S3D1G1G1 i S3D1G1G2. W grupie S3D1 G1 istnieją obiekty IS1 Object i S3D1O3. Każdy z nich ma kilka MP.
